Class: ODDB::AnalysisParse::TestAnonymousListParser

Inherits:
Test::Unit::TestCase
  • Object
show all
Defined in:
ext/analysisparse/test/test_anonymous_list_parser.rb

Instance Method Summary collapse

Instance Method Details

#setup ⇒ Object 



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14
 
# File 'ext/analysisparse/test/test_anonymous_list_parser.rb', line 12

def setup
	@parser = AnonymousListParser.new
end

#test_fr_parse_line__1 ⇒ Object 



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# File 'ext/analysisparse/test/test_anonymous_list_parser.rb', line 208

def test_fr_parse_line__1
	src = <<-EOS
8485.00   45  Prostate, antigène spécifique (PSA)  ?  9800.20
	EOS
	begin
		result = @parser.parse_line(src)
	end
	expected =	{
		:code						=>	'8485.00',
		:group					=>	'8485',
		:position				=>	'00',
		:taxpoints			=>	45,
		:description		=>	'Prostate, antigène spécifique (PSA)',
		:anonymousgroup	=>	'9800',
		:anonymouspos		=>	'20',
		:list_title			=>	nil,
		:permission			=>	nil,
		:taxpoint_type	=>	nil,
	} 
	assert_equal(expected, result)
end

#test_fr_parse_line__2 ⇒ Object 



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# File 'ext/analysisparse/test/test_anonymous_list_parser.rb', line 229

def test_fr_parse_line__2
	src = <<-EOS
8810.09     20  Détermination du sexe, utilisation
lors de maladies héréditaires liées
au chromosome X..........................?  9800.10
	EOS
	begin
		result = @parser.parse_line(src)
	end
	expected = {
		:code							=>	'8810.09',
		:group						=>	'8810',
		:position					=>	'09',
		:taxpoints				=>	20,
		:description			=>	'Détermination du sexe, utilisation lors de maladies héréditaires liées au chromosome X',
		:anonymousgroup		=>	'9800',
		:anonymouspos			=>	'10',
		:list_title				=>	nil,
		:permission				=>	nil,
		:taxpoint_type		=>	nil,
	}
	assert_equal(expected, result)
end

#test_fr_parse_line__3 ⇒ Object 



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# File 'ext/analysisparse/test/test_anonymous_list_parser.rb', line 252

def test_fr_parse_line__3
	src = <<-EOS
8810.13     50  Maladies d'hémostase; recherche
	d'une mutation ou d'un polymor-
	phisme lié lors d'hémophilies A et
	B, troubles du facteur II et du
	facteur V.........................................?  9800.22
	EOS
	begin
		result = @parser.parse_line(src)
	end
	expected = {
		:code						=>	'8810.13',
		:group					=>	'8810',
		:position				=>	'13',
		:taxpoints			=>	50,
		:description		=>	'Maladies d\'hémostase; recherche d\'une mutation ou d\'un polymorphisme lié lors d\'hémophilies A et B, troubles du facteur II et du facteur V',
		:anonymousgroup	=>	'9800',
		:anonymouspos		=>	'22',
		:list_title			=>	nil,
		:taxpoint_type	=>	nil,
		:permission			=>	nil,
	}
	assert_equal(expected, result)
end

#test_fr_parse_line__4 ⇒ Object 



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# File 'ext/analysisparse/test/test_anonymous_list_parser.rb', line 277

def test_fr_parse_line__4
	src = <<-EOS
	     8810.23     50  Dystrophies musculaires; recherche
	d'une mutation ou d'un polymor-
	phisme lié lors de dystrophies de
	Duchenne et de Becker, troubles
	des protéines associés à la dystro-
	phine dans d'autres types de dys-
	trophies musculaires, dystrophie
	musculaire facio-scapulo-huméral  ?  9800.22

	EOS
	begin
		result = @parser.parse_line(src)
	end
	expected = {
		:code							=>	'8810.23',
		:group						=>	'8810',
		:position					=>	'23',
		:taxpoints				=>	50,
		:description			=>	'Dystrophies musculaires; recherche d\'une mutation ou d\'un polymorphisme lié lors de dystrophies de Duchenne et de Becker, troubles des protéines associés à la dystrophine dans d\'autres types de dystrophies musculaires, dystrophie musculaire facio-scapulo-huméral',	
		:anonymousgroup		=>	'9800',
		:anonymouspos			=>	'22',
		:list_title				=>	nil,
		:taxpoint_type		=>	nil,
		:permission				=>	nil,
	}
	assert_equal(expected, result)
end

#test_fr_parse_line__5 ⇒ Object 



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# File 'ext/analysisparse/test/test_anonymous_list_parser.rb', line 306

def test_fr_parse_line__5
	src = <<-EOS
	     9116.07    60  HIV 1, test de confirmation des anti-
	corps p24 + gp41 (par EIA), ql        ?  9800.24
	EOS
	begin
		result = @parser.parse_line(src)
	end
	expected = {
		:code						=>	'9116.07',
		:group					=>	'9116',
		:position				=>	'07',
		:taxpoints			=>	60,
		:description		=>	'HIV 1, test de confirmation des anticorps p24 + gp41 (par EIA), ql',
		:anonymousgroup	=>	'9800',
		:anonymouspos		=>	'24',
		:list_title			=>	nil,
		:permission			=>	nil,
		:taxpoint_type	=>	nil,
	}
	assert_equal(expected, result)
end

#test_fr_parse_page__1 ⇒ Object 



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# File 'ext/analysisparse/test/test_anonymous_list_parser.rb', line 328

def test_fr_parse_page__1
	src = <<-EOS
4.2  Positions anonymes
Rév. No pos. TP Dénomination No anonyme

8003.01  100 Cholinésterase, iso-enzymes de l'acétyl~..........................................?  9800.30
8017.00 45 Alpha-1-foetoprotein (AFP)..............?  9800.20
8120.00 45 Beta-2- microglobuline.....................?  9800.20
8140.00 50 CA 125.............................................?  9800.22
8141.00 50 CA 15-3............................................?  9800.22
8142.00 50 CA 19-9............................................?  9800.22
8145.00 50 CA 72-4............................................?  9800.22
8145.01 50 CYFRA 21-1.....................................?  9800.22
8147.00 60 Calcitonine.......................................?  9800.24
8152.00 45 Antigène carcino-embryonnaire CEA ?  9800.20
8194.00 25 Fibres élastiques après enrichisse-
ment (matériel: lavage)..................?  9800.12
8212.00 125 Estradiol, récepteurs........................?  9800.34
8238.00 20 Fluorures..........................................?  9800.10
8345.00 12 Agglutinines froides, test de recherche.......................................?  9800.04
8430.01 45 MCA (antigène associé au carcino-
me de type mucine.........................?  9800.20
8435.00 80 Méthotrexate (sang).........................?  9800.28
8461.01 70 Phénytoine, libre, y compris dosage
de la phénytoine totale (sang)........?  9800.26
8477.01 70 Primidone, y compris phénobarbital
(sang).............................................?  9800.26
8480.00 125 Progestérone, récepteurs.................?  9800.34
8485.00 45 Prostate, antigène spécifique (PSA)  ?  9800.20
8485.01 25 Prostate, antigène spécifique (PSA),
libre, uniquement en combinaison
avec un PSA total entre 3 et 10
?g/l.................................................?  9800.12
8531.00 50 Sqamous Cell Carcinoma (SCC)......?  9800.22
8567.01 45 TPA (antigène polypeptidique
tissulaire)........................................?  9800.20
8800.01  250 Culture cellulaire et préparation
chromosomique, caryotype
constitutionnel................................?  9800.44
	111
	EOS
	begin
		result = @parser.parse_page(src, 111)
	end
	expected_first = {
	:code							=>	'8003.01',
	:group						=>	'8003',
	:position					=>	'01',
	:description			=>	'Cholinésterase, iso-enzymes de l\'acétyl~',
	:anonymouspos			=>	'30',
	:anonymousgroup		=>	'9800',
	:taxpoints				=>	100,
	:taxpoint_type		=>	nil,
	:list_title				=>	nil,
	:permission				=>	nil,
	}
	expected_last = {
	:code							=>	'8800.01',
	:group						=>	'8800',
	:position					=>	'01',
	:description			=>	'Culture cellulaire et préparation chromosomique, caryotype constitutionnel',
	:anonymouspos			=>	'44',
	:anonymousgroup		=>	'9800',
	:taxpoints				=>	250,
	:taxpoint_type		=>	nil,
	:list_title				=>	nil,
	:permission				=>	nil,
	}
	assert_equal(expected_first, result.first)
	assert_equal(expected_last, result.last)
end

#test_parse_line__1 ⇒ Object 



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# File 'ext/analysisparse/test/test_anonymous_list_parser.rb', line 15

def test_parse_line__1
	src = <<-EOS
8531.00    50 Sqamous Cell Carcinoma (SCC).....?   9800.22
	EOS
	begin
		result = @parser.parse_line(src)
	end
	expected = {
		:code							=>	'8531.00',
		:group						=>	'8531',
		:position					=>	'00',
		:taxpoints				=>	50,
		:description			=>	'Sqamous Cell Carcinoma (SCC)',
		:anonymousgroup		=>	'9800',
		:anonymouspos			=>	'22',
		:list_title				=>	nil,
		:permission				=>	nil,
		:taxpoint_type		=>	nil,
	}
	assert_equal(expected,result)
end

#test_parse_line__2 ⇒ Object 



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# File 'ext/analysisparse/test/test_anonymous_list_parser.rb', line 36

def test_parse_line__2
	src = <<-EOS
8804.00  50 Chromosomenuntersuchung, Zuschlag für Benützung von zusätzlicher Färbung (G-,Q-,R- oder C-Bänderung, Ag-NOR, hohe Auflösung, andere), pro Färbung...?   9800.22
	EOS
	begin
		result = @parser.parse_line(src)
	end
	expected = {
		:code						=>	'8804.00',
		:group					=>	'8804',
		:position				=>	'00',
		:taxpoints			=>	50,
		:description		=>	'Chromosomenuntersuchung, Zuschlag für Benützung von zusätzlicher Färbung (G-,Q-,R- oder C-Bänderung, Ag-NOR, hohe Auflösung, andere), pro Färbung',
		:anonymousgroup =>	'9800',
		:anonymouspos		=>	'22',
		:list_title			=>	nil,
		:permission			=>	nil,
		:taxpoint_type	=>	nil,

	}
	assert_equal(expected, result)
end

#test_parse_line__3 ⇒ Object 



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# File 'ext/analysisparse/test/test_anonymous_list_parser.rb', line 58

def test_parse_line__3
	src =<<-EOS
8485.00  45 Prostata spezifisches Antigen (PSA) ?   9800.20
	EOS
	begin
		result = @parser.parse_line(src)
	end
	expected = {
		:code						=>	'8485.00',
		:group					=>	'8485',
		:position				=>	'00',
		:taxpoints			=>	45,
		:description		=>	'Prostata spezifisches Antigen (PSA)',
		:anonymousgroup	=>	'9800',
		:anonymouspos		=>	'20',
		:list_title			=>	nil,
		:permission			=>	nil,
		:taxpoint_type	=>	nil,
	}
	assert_equal(expected, result)
end

#test_parse_line__4 ⇒ Object 



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# File 'ext/analysisparse/test/test_anonymous_list_parser.rb', line 79

def test_parse_line__4
	src = <<-EOS
8806.00 300 In situ-Hybridisierung an Inter- phasekernen inkl. Präparation und Analyse von 20 oder mehr Zellen..? 9800.48
	EOS
	begin
		result = @parser.parse_line(src)
	end
	expected = {
		:code						=>	'8806.00',
		:group					=>	'8806',
		:position				=>	'00',
		:taxpoints			=>	300,
		:description		=>	'In situ-Hybridisierung an Interphasekernen inkl. Präparation und Analyse von 20 oder mehr Zellen',
		:anonymousgroup	=>	'9800',
		:anonymouspos		=>	'48',
		:list_title			=>	nil,
		:permission			=>	nil,
		:taxpoint_type	=>	nil,
	}
	assert_equal(expected, result)
end

#test_parse_line__5 ⇒ Object 



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# File 'ext/analysisparse/test/test_anonymous_list_parser.rb', line 100

def test_parse_line__5
	src = <<-EOS
8477.01 70 Primidon, inkl. Phenobarbital (Blut). ? 9800.26
	EOS
	begin
		result = @parser.parse_line(src)
	end
	expected = {
		:code						=>	'8477.01',
		:group					=>	'8477',
		:position				=>	'01',
		:taxpoints			=>	70,
		:description		=>	'Primidon, inkl. Phenobarbital (Blut)',
		:anonymousgroup	=>	'9800',
		:anonymouspos		=>	'26',
		:list_title			=>	nil,
		:permission			=>	nil,
		:taxpoint_type	=>	nil,
	}
	assert_equal(expected, result)
end

#test_parse_line__6 ⇒ Object 



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# File 'ext/analysisparse/test/test_anonymous_list_parser.rb', line 121

def test_parse_line__6
	src = <<-EOS
8810.19 50 1. Krebserkrankungen, familiäre
Prädisposition; direkte oder
indirekte Mutationsanalyse bei
- hereditärem Brust- oder
Ovarialkrebs-Syndrom, Gene
BRCA1 und BRCA2
- Polyposis coli oder attenuierter
Form der Polyposis coli, Gen
APC
- hereditärem Colon-Carcinom-
Syndrom ohne Polyposis
(hereditary non polypotic colon
cancer HNPCC), Gene MLH1,
MSH2, MSH6 und PMS2
- Multiplen endokrinen Neoplasien ? 9800.22
	EOS
	begin
		result = @parser.parse_line(src)
	end
	expected = {
		:code							=>	'8810.19',
		:group						=>	'8810',
		:position					=>	'19',
		:taxpoints				=>	50,
		:description			=>	'1. Krebserkrankungen, familiäre Prädisposition; direkte oder indirekte Mutationsanalyse bei
- hereditärem Brust- oder Ovarialkrebs-Syndrom, Gene BRCA1 und BRCA2
- Polyposis coli oder attenuierter Form der Polyposis coli, Gen APC
- hereditärem Colon-Carcinom-Syndrom ohne Polyposis (hereditary non polypotic colon cancer HNPCC), Gene MLH1, MSH2, MSH6 und PMS2
- Multiplen endokrinen Neoplasien',
		:anonymousgroup		=>	'9800',
		:anonymouspos			=>	'22',
		:list_title				=>	nil,
		:taxpoint_type		=>	nil,
		:permission				=>	nil,
	}
	assert_equal(expected, result)
end

#test_parse_page__1 ⇒ Object 



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# File 'ext/analysisparse/test/test_anonymous_list_parser.rb', line 160

def test_parse_page__1
	src = <<-EOS
Rev. Pos.-Nr. TP Bezeichnung Anonyme Nr.
8800.04 100 Chromosomenuntersuchung, maligne Hämopathien, Zuschlag für Zelltrennung und Einfrieren......? 9800.30
8801.00 400 Chromosomenuntersuchung,konstitutioneller Karyotyp..............? 9800.56
8801.01 50 Chromosomenuntersuchung, konstitutioneller Karyotyp, Zuschlag für über 25 analysierte Zellen.............................................? 9800.22
8801.02 100 Chromosomenuntersuchung, konstitutioneller Karyotyp, Zuschlag für über 50 analysierte Zellen.............................................? 9800.30
8802.00 600 Chromosomenuntersuchung, maligne Hämopathien, 10 karyo- typisierte Metaphasen oder 5 karyotypisierte Metaphasen und 15 analysierte Metaphasen...........? 9800.68
8802.01 300 Chromosomenuntersuchung,maligne Hämopathien, Zuschlag für zusätzliche analysierte Zellen, 5 karyotypisierte Metaphasen oder 10 analysierte Metaphasen...........? 9800.48
8802.02 150 Chromosomenuntersuchung, maligne Hämopathien, Zuschlag für komplexe Anomalien (³ 3 Anomalien)....................................? 9800.36 
8802.03 150 Chromosomenuntersuchung, maligne Hämopathien, Zuschlag für schwierige Analyse...................? 9800.36
8804.00 50 Chromosomenuntersuchung, Zuschlag für Benützung von zusätzlicher Färbung (G-,Q-,R- oder C-Bänderung, Ag-NOR, hohe Auflösung, andere), pro Färbung...? 9800.22
8805.00 250 Chromosomenuntersuchung, Zuschlag für in-situ Hybridisierung, pro Sonde......................................? 9800.44
8806.00 300 In situ-Hybridisierung an Inter- phasekernen inkl. Präparation und Analyse von 20 oder mehr Zellen..? 9800.48 112
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