Method List
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#<< Bio::NeXML::Writer
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#<< Bio::NeXML::Tree
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#<< Bio::NeXML::Trees
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#<< Bio::NeXML::Nexml
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#<< Bio::NeXML::Otus
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#<< Bio::NeXML::Mapper::HashRepository
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#[] Bio::NeXML::Trees
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#[] Bio::NeXML::Tree
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#[] Bio::NeXML::Otus
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#__add_edge__ Bio::NeXML::Tree
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#__add_node__ Bio::NeXML::Tree
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#__delete__ Bio::NeXML::Mapper::HashRepository
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#__each__ Bio::NeXML::Mapper::HashRepository
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#add_cell Bio::NeXML::CellRow
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#add_characters Bio::NeXML::Writer
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#add_edge Bio::NeXML::IntNetwork
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#add_edge Bio::NeXML::FloatTree
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#add_edge Bio::NeXML::Tree
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#add_edge Bio::NeXML::FloatNetwork
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#add_edge Bio::NeXML::IntTree
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#add_format Bio::NeXML::Characters
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#add_matrix Bio::NeXML::Characters
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#add_member Bio::NeXML::State
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#add_node Bio::NeXML::Tree
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#add_otus Bio::NeXML::Writer
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#add_rootedge Bio::NeXML::Tree
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#add_row Bio::NeXML::Matrix
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#add_state Bio::NeXML::States
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#add_states Bio::NeXML::Format
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#add_tree Bio::NeXML::Trees
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#add_trees Bio::NeXML::Writer
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#ambiguity Bio::NeXML::State
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#ambiguous? Bio::NeXML::State
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#ancestors Bio::NeXML::Tree
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#attributes Bio::NeXML::Writer
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#belongs_to Bio::NeXML::Mapper::Framework
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#bound? Bio::NeXML::Cell
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#char Bio::NeXML::Cell
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#characters= Bio::NeXML::Writer
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#children Bio::NeXML::Tree
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#close Bio::NeXML::Parser
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#count Bio::NeXML::Trees
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#count Bio::NeXML::State
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#create_char Bio::NeXML::Format
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#create_characters Bio::NeXML::Nexml
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#create_edge Bio::NeXML::Tree
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#create_edge Bio::NeXML::FloatNetwork
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#create_edge Bio::NeXML::IntTree
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#create_edge Bio::NeXML::FloatTree
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#create_edge Bio::NeXML::IntNetwork
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#create_format Bio::NeXML::Characters
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#create_matrix Bio::NeXML::Characters
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#create_network Bio::NeXML::Trees
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#create_node Bio::NeXML::Writer
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#create_node Bio::NeXML::Tree
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#create_otu Bio::NeXML::Otus
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#create_otus Bio::NeXML::Nexml
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#create_raw Bio::NeXML::Characters
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#create_rootedge Bio::NeXML::FloatTree
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#create_rootedge Bio::NeXML::Tree
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#create_rootedge Bio::NeXML::IntTree
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#create_row Bio::NeXML::CellMatrix
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#create_row Bio::NeXML::SeqMatrix
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#create_state Bio::NeXML::States
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#create_states Bio::NeXML::Format
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#create_tree Bio::NeXML::Trees
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#create_trees Bio::NeXML::Nexml
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#delete Bio::NeXML::Otus
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#delete Bio::NeXML::Mapper::HashRepository
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#delete_state Bio::NeXML::States
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#delete_tree Bio::NeXML::Trees
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#descendents Bio::NeXML::Tree
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#each Bio::NeXML::Otus
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#each Bio::NeXML::Mapper::HashRepository
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#each Bio::NeXML::State
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#each Bio::NeXML::Trees
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#each Bio::NeXML::States
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#each_char Bio::NeXML::States
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#each_node Bio::NeXML::Tree
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#each_state Bio::NeXML::States
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#each_tree Bio::NeXML::Trees
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#each_value Bio::NeXML::Sequence
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#each_with_id Bio::NeXML::Mapper::HashRepository
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#each_with_id Bio::NeXML::Otus
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#format Bio::NeXML::Characters
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generate_id Bio::NeXML
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#generator Bio::NeXML::Nexml
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#get_char_by_id Bio::NeXML::Format
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#get_edge_by_id Bio::NeXML::Tree
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#get_node_by_id Bio::NeXML::Tree
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#get_state_by_id Bio::NeXML::States
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#get_state_by_symbol Bio::NeXML::States
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#has_edge? Bio::NeXML::Tree
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#has_n Bio::NeXML::Mapper::Framework
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#has_network? Bio::NeXML::Trees
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#has_node? Bio::NeXML::Tree
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#has_state? Bio::NeXML::States
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#has_states? Bio::NeXML::Format
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#has_tree? Bio::NeXML::Trees
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#id Bio::NeXML::Tree
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#id Bio::NeXML::Format
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#id Bio::NeXML::Char
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#id Bio::NeXML::Sequence
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#id Bio::NeXML::States
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#id Bio::NeXML::Edge
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#id Bio::NeXML::Trees
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#id Bio::NeXML::State
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#id Bio::NeXML::Row
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#id Bio::NeXML::Node
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#id Bio::NeXML::Otus
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#id Bio::NeXML::Characters
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#id Bio::NeXML::Otu
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#include? Bio::NeXML::Tree
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#include? Bio::NeXML::Trees
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#include? Bio::NeXML::State
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#include? Bio::NeXML::Mapper::HashRepository
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#include? Bio::NeXML::Otus
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#include? Bio::NeXML::States
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#initialize Bio::NeXML::Trees
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#initialize Bio::NeXML::FloatNetwork
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#initialize Bio::NeXML::IntNetwork
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#initialize Bio::NeXML::Network
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#initialize Bio::NeXML::FloatTree
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#initialize Bio::NeXML::IntTree
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#initialize Bio::NeXML::Characters
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#initialize Bio::NeXML::Writer
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#initialize Bio::NeXML::Otu
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#initialize Bio::NeXML::Otus
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#initialize Bio::NeXML::Parser
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#initialize Bio::NeXML::Nexml
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#initialize Bio::NeXML::Matrix
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#initialize Bio::NeXML::Cell
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#initialize Bio::NeXML::Format
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#initialize Bio::NeXML::State
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#initialize Bio::NeXML::Char
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#initialize Bio::NeXML::States
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#join_sequence Bio::NeXML::Continuous
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#join_sequence Bio::NeXML::Standard
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#join_sequence Bio::NeXML::Characters
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#key Bio::NeXML::Mapper::Inflections
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#label Bio::NeXML::Trees
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#label Bio::NeXML::Tree
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#label Bio::NeXML::Edge
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#label Bio::NeXML::Row
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#label Bio::NeXML::Characters
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#label Bio::NeXML::Node
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#label Bio::NeXML::Otus
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#label Bio::NeXML::Otu
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#label Bio::NeXML::States
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#label Bio::NeXML::Char
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#label Bio::NeXML::State
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#label Bio::NeXML::Cell
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#length Bio::NeXML::IntRootEdge
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#length Bio::NeXML::FloatEdge
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#length Bio::NeXML::IntEdge
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#length Bio::NeXML::FloatRootEdge
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#length Bio::NeXML::Edge
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#length Bio::NeXML::Otus
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#length= Bio::NeXML::Edge
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#lookup Bio::NeXML::Dna
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#lookup Bio::NeXML::Rna
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#lookup Bio::NeXML::Standard
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#lookup Bio::NeXML::Restriction
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#lookup Bio::NeXML::Continuous
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#lookup Bio::NeXML::Protein
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#lowest_common_ancestor Bio::NeXML::Tree
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#matrix Bio::NeXML::Characters
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#number_of_trees Bio::NeXML::Trees
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#objects Bio::NeXML::Mapper::HashRepository
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#objects Bio::NeXML::Mapper::ArrayRepository
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#objects= Bio::NeXML::Mapper::HashRepository
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#otu Bio::NeXML::Node
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#otus Bio::NeXML::Otus
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#otus= Bio::NeXML::Writer
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#parent Bio::NeXML::Tree
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#parse Bio::NeXML::Parser
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#plural Bio::NeXML::Mapper::Inflections
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polymorphic Bio::NeXML::State
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#polymorphic? Bio::NeXML::State
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#properties Bio::NeXML::Mapper
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#remove_edge Bio::NeXML::Tree
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#remove_node Bio::NeXML::Tree
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#root Bio::NeXML::Node
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#root Bio::NeXML::Writer
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#root? Bio::NeXML::Node
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#rootedge Bio::NeXML::Tree
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#roots Bio::NeXML::Tree
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#save Bio::NeXML::Writer
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#singular Bio::NeXML::Mapper::Inflections
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#source Bio::NeXML::Edge
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#split_sequence Bio::NeXML::Continuous
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#split_sequence Bio::NeXML::Standard
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#split_sequence Bio::NeXML::Characters
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#state Bio::NeXML::Cell
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#state= Bio::NeXML::ContinuousCell
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#symbol Bio::NeXML::State
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#target Bio::NeXML::Edge
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#to_str Bio::NeXML::Cell
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#to_str Bio::NeXML::State
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#to_xml Bio::NeXML::Cell
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#to_xml Bio::NeXML::Format
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#to_xml Bio::NeXML::States
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#to_xml Bio::NeXML::Char
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#to_xml Bio::NeXML::State
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#to_xml Bio::NeXML::Network
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#to_xml Bio::NeXML::Trees
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#to_xml Bio::NeXML::RootEdge
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#to_xml Bio::NeXML::Tree
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#to_xml Bio::NeXML::Edge
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#to_xml Bio::NeXML::Node
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#to_xml Bio::NeXML::Otus
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#to_xml Bio::NeXML::Otu
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#to_xml Bio::NeXML::Nexml
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#to_xml Bio::NeXML::Characters
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#to_xml Bio::NeXML::CellRow
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#to_xml Bio::NeXML::SeqRow
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#to_xml Bio::NeXML::Sequence
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#to_xml Bio::NeXML::Matrix
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#trees= Bio::NeXML::Writer
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#type Bio::NeXML::Sequence
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uncertain Bio::NeXML::State
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#uncertain? Bio::NeXML::State
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#value Bio::NeXML::Sequence
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#value Bio::NeXML::ContinuousCell
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#value Bio::NeXML::Cell
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#value= Bio::NeXML::ContinuousCell
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#value= Bio::NeXML::Cell
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#version Bio::NeXML::Nexml
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#xml_base Bio::NeXML::Base
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#xml_id Bio::NeXML::Base
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#xml_lang Bio::NeXML::Base
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#xml_space Bio::NeXML::Base