Class List

Classes Methods Files

Search:

Top Level Namespace
Array < ObjectTop Level Namespace
BioTop Level Namespace
- CommandBio
  - WrapperBio::Command
    ClassMethodsBio::Command::Wrapper
- NgsBio
  - BcftoolsBio::Ngs
    Cat < ObjectBio::Ngs::Bcftools
    Index < ObjectBio::Ngs::Bcftools
    Ld < ObjectBio::Ngs::Bcftools
    Ldpair < ObjectBio::Ngs::Bcftools
    View < ObjectBio::Ngs::Bcftools
  - Blast < ObjectBio::Ngs
    BlastN < BlastBio::Ngs::Blast
    BlastX < BlastBio::Ngs::Blast
  - BowtieInspect < ObjectBio::Ngs
  - BwaBio::Ngs
    Aln < ObjectBio::Ngs::Bwa
    Bwasw < ObjectBio::Ngs::Bwa
    Fastmap < ObjectBio::Ngs::Bwa
    Index < ObjectBio::Ngs::Bwa
    Sampe < ObjectBio::Ngs::Bwa
    Samse < ObjectBio::Ngs::Bwa
  - CASAVA < ObjectBio::Ngs
    Bclqseq < ObjectBio::Ngs::CASAVA
    ConfigBclFastq < ObjectBio::Ngs::CASAVA
    ConfigQseqFastq < ObjectBio::Ngs::CASAVA
  - ConverterBio::Ngs
    Qseq < ObjectBio::Ngs::Converter
  - CufflinksBio::Ngs
    Compare < ObjectBio::Ngs::Cufflinks
    Diff < ObjectBio::Ngs::Cufflinks
    GffRead < ObjectBio::Ngs::Cufflinks
    Gtf < ObjectBio::Ngs::Cufflinks
    GtfParserBio::Ngs::Cufflinks
    MarkCallBio::Ngs::Cufflinks
    Merge < ObjectBio::Ngs::Cufflinks
    Quantification < ObjectBio::Ngs::Cufflinks
    QuantificationDenovo < QuantificationBio::Ngs::Cufflinks
    Transcript < ObjectBio::Ngs::Cufflinks
    UtilsBio::Ngs::Cufflinks
    ClassMethodsBio::Ngs::Cufflinks::Utils
  - Db < ObjectBio::Ngs
  - FSBio::Ngs
  - FastQuality < ObjectBio::Ngs
  - FastxBio::Ngs
    FastqStats < ObjectBio::Ngs::Fastx
    NucleotideDistribution < ObjectBio::Ngs::Fastx
    QualityTrim < ObjectBio::Ngs::Fastx
    ReadsBoxPlot < ObjectBio::Ngs::Fastx
    ReadsCoverage < ObjectBio::Ngs::Fastx
    Trim < ObjectBio::Ngs::Fastx
  - Graphics < ObjectBio::Ngs
  - Homology < ObjectBio::Ngs
  - IlluminaBio::Ngs
    FastqGzBio::Ngs::Illumina
    MetaReads < DataBio::Ngs::Illumina
    Project < PoolBio::Ngs::Illumina
    Projects < PoolBio::Ngs::Illumina
    Sample < PoolBio::Ngs::Illumina
  - Ontology < ObjectBio::Ngs
  - OntologyCollection < ArrayBio::Ngs
  - Record < ObjectBio::Ngs
  - Runner < RunnerBio::Ngs
  - SamtoolsBio::Ngs
    Faidx < ObjectBio::Ngs::Samtools
    Merge < ObjectBio::Ngs::Samtools
    Mpileup < ObjectBio::Ngs::Samtools
    View < ObjectBio::Ngs::Samtools
  - SffExtract < ObjectBio::Ngs
  - Tophat < ObjectBio::Ngs
  - Utils < ObjectBio::Ngs
    BinaryNotFound < StandardErrorBio::Ngs::Utils
BlastOutput < BaseTop Level Namespace
CreateBlastout < MigrationTop Level Namespace
CreateGene < MigrationTop Level Namespace
CreateGeneGo < MigrationTop Level Namespace
CreateGo < MigrationTop Level Namespace
CreateGoannotation < MigrationTop Level Namespace
EnumerableTop Level Namespace
Gene < BaseTop Level Namespace
GeneGo < BaseTop Level Namespace
Go < BaseTop Level Namespace
GoAnnotation < BaseTop Level Namespace
MetaTop Level Namespace
- Data < ObjectMeta
- Pool < DataMeta
String < ObjectTop Level Namespace
Thor < ObjectTop Level Namespace
- CoreExtThor
  - HashWithIndifferentAccess < ObjectThor::CoreExt
- Task < ObjectThor