Method List
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add_job Bio::Pipengine
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#add_resources Bio::Pipengine::Job
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#add_step Bio::Pipengine::Job
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check_and_run_multi Bio::Pipengine
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check_samples Bio::Pipengine
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check_steps Bio::Pipengine
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#command_line Bio::Pipengine::Job
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#cpus Bio::Pipengine::Step
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#cpus Bio::Pipengine::Job
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create_job Bio::Pipengine
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create_samples Bio::Pipengine
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#custom_name Bio::Pipengine::Job
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#custom_output Bio::Pipengine::Job
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#group Bio::Pipengine::Sample
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#group= Bio::Pipengine::Sample
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#has_prerequisite? Bio::Pipengine::Step
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include Bio::Pipengine
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#initialize Bio::Pipengine::Sample
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#initialize Bio::Pipengine::Job
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#initialize Bio::Pipengine::Step
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inspect_steps Bio::Pipengine
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#is_multi? Bio::Pipengine::Step
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load_samples_file Bio::Pipengine
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#local Bio::Pipengine::Job
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#log Bio::Pipengine::Job
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#log_adapter Bio::Pipengine::Job
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#mem Bio::Pipengine::Job
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#mem Bio::Pipengine::Step
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#multi_cmd Bio::Pipengine::Step
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#multi_def Bio::Pipengine::Step
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#multi_samples Bio::Pipengine::Job
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#name Bio::Pipengine::Job
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#name Bio::Pipengine::Step
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#name Bio::Pipengine::Sample
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#name= Bio::Pipengine::Sample
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#nodes Bio::Pipengine::Job
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#nodes Bio::Pipengine::Step
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#output Bio::Pipengine::Job
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parse_tag_option Bio::Pipengine
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#path Bio::Pipengine::Sample
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#pre Bio::Pipengine::Step
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#resources Bio::Pipengine::Job
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#run Bio::Pipengine::Step
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run Bio::Pipengine
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#samples_obj Bio::Pipengine::Job
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#submit Bio::Pipengine::Job
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#to_script Bio::Pipengine::Job
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#x_name Bio::Pipengine::Sample