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#aldh2 Bio::Shell::Demo
#all Bio::Shell::Demo
#ask_yes_or_no Bio::Shell::Core
#bioflat_dir Bio::Shell::Core
#c2s Bio::Sequence::NA::MidiTrack
#cache Bio::Shell::Ghost
#check_marshal Bio::Shell::Ghost
#check_ruby_version Bio::Shell::Setup
#close_history Bio::Shell::Ghost
#closing_splash Bio::Shell::Ghost
#colors Bio::Shell::Core
#commands BiorubyController
#config Bio::Shell::Ghost
#config_color Bio::Shell::Ghost
#config_echo Bio::Shell::Ghost
#config_file Bio::Shell::Core
#config_message Bio::Shell::Ghost
#config_pager Bio::Shell::Ghost
#config_show Bio::Shell::Ghost
#config_splash Bio::Shell::Ghost
#configure Bio::Shell::Ghost
#create_flat_dir Bio::Shell::Ghost
#create_real_dir Bio::Shell::Ghost
#create_save_dir Bio::Shell::Ghost
#create_save_dir_ask Bio::Shell::Ghost
#data_dir Bio::Shell::Core
#encode Bio::Sequence::NA::MidiTrack
#entry Bio::Shell::Demo
#evaluate BiorubyController
#fill String
#find_flat_dir Bio::Shell::Ghost
#fold String
#generate_colored_text Bio::Shell::ColoredCodonTable
#generate_mono_text Bio::Shell::ColoredCodonTable
#getoptlong Bio::Shell::Setup
#have_results BiorubyHelper
#header Bio::Sequence::NA::MidiTrack
#history BiorubyController
#history_file Bio::Shell::Core
#icode Bio::Sequence::NA::MidiTrack
#index BiorubyController
#initialize Bio::Shell::Script
#initialize Bio::Sequence::NA::MidiTrack
#initialize Bio::Shell::Irb
#initialize Bio::Shell::Web
#initialize Bio::Shell::ColoredCodonTable
#initialize Bio::Shell::Setup
#initialize Bio::Shell::Web::Results
#initialize Bio::Shell::Demo
#install_savedir Bio::Shell::Setup
#list_classes BiorubyController
#list_methods BiorubyController
#list_modules BiorubyController
#list_sequences Bio::DAS
#load_config Bio::Shell::Ghost
#load_config_file Bio::Shell::Ghost
#load_history Bio::Shell::Ghost
#load_history_file Bio::Shell::Ghost
#load_object Bio::Shell::Ghost
#load_object_file Bio::Shell::Ghost
#load_plugin Bio::Shell::Ghost
#load_plugin_dir Bio::Shell::Ghost
#load_session Bio::Shell::Ghost
#local_variables BiorubyHelper
#manifest BiorubyGenerator
#memo Object
#mito Bio::Shell::Demo
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#object_file Bio::Shell::Core
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#opening_splash Bio::Shell::Ghost
#output Bio::Shell::Web::Results
#output Bio::Shell::ColoredCodonTable
#output Object
#pdb Bio::Shell::Demo
#pdb_hetdic Bio::Shell::Demo
#plugin_dir Bio::Shell::Core
#project_workdir BiorubyHelper
#push Bio::Sequence::NA::MidiTrack
#push_silent Bio::Sequence::NA::MidiTrack
#rcode Bio::Sequence::NA::MidiTrack
#reference_link BiorubyHelper
#reload_script BiorubyController
#render_log BiorubyHelper
#restore Bio::Shell::Web::Results
#result Bio::Shell::Web::Results
#results BiorubyController
#save_config Bio::Shell::Ghost
#save_config_file Bio::Shell::Ghost
#save_history Bio::Shell::Ghost
#save_history_file Bio::Shell::Ghost
#save_object Bio::Shell::Ghost
#save_object_file Bio::Shell::Ghost
#save_script Bio::Shell::Ghost
#save_script_file Bio::Shell::Ghost
#save_session Bio::Shell::Ghost
#script Bio::Shell::Ghost
#script Bio::Shell::Web::Results
#script_begin Bio::Shell::Ghost
#script_dir Bio::Shell::Core
#script_end Bio::Shell::Ghost
#script_file Bio::Shell::Core
#sequence Bio::Shell::Demo
#session_dir Bio::Shell::Core
#setup_colors Bio::Shell::ColoredCodonTable
#setup_irb Bio::Shell::Irb
#setup_savedir Bio::Shell::Setup
#shell Bio::Shell::Demo
#shell_dir Bio::Shell::Core
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#splash_message Bio::Shell::Ghost
#splash_message_action Bio::Shell::Ghost
#splash_message_action_color Bio::Shell::Ghost
#splash_message_color Bio::Shell::Ghost
#start_irb Bio::Shell::Irb
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#store Bio::Shell::Web::Results
#store_history Bio::Shell::Ghost
#table Bio::Shell::ColoredCodonTable
#to_aaseq String
#to_midi Bio::Sequence::NA
#to_naseq String
#tutorial Bio::Shell::Demo