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#apply Cicada::InSituCorrection
#apply_correction Cicada::PositionCorrector
#apply_in_situ_correction Cicada::PositionCorrector
#apply_scale Cicada::PositionCorrector
#calculate_in_situ_corr Cicada::InSituCorrection
#calculate_normalized_dists_to_centroids Cicada::Correction
#calculate_weights Cicada::Correction
#check_edges Cicada::CicadaMain
#check_error Cicada::CicadaMain
#check_fit Cicada::CicadaMain
#check_r2 Cicada::CicadaMain
#check_saturation Cicada::CicadaMain
#check_separation Cicada::CicadaMain
convert_to_realvector Cicada::PositionCorrector
#corr_parameters Cicada::InSituCorrection
#correct_position Cicada::Correction
#correct_single_object Cicada::PositionCorrector
#correction_channel Cicada::Correction
#correction_channel Cicada::InSituCorrection
correction_filename Cicada::FileInteraction
#correction_x Cicada::Correction
#correction_y Cicada::Correction
#correction_z Cicada::Correction
#determine_tre Cicada::PositionCorrector
#disable_intercept? Cicada::InSituCorrection
#distance_cutoffs Cicada::Correction
#do_and_save_fits Cicada::CicadaMain
#evaluate Cicada::P3DObjectiveFunction
#failures Cicada::CicadaMain
#find_points_for_correction Cicada::Correction
#fit Cicada::DistributionFitter
#fit Cicada::P3DFitter
#fit_objects_in_single_image Cicada::CicadaMain
generate Cicada::AberrationMap
#generate_correction Cicada::PositionCorrector
#generate_in_situ_correction Cicada::PositionCorrector
#generate_in_situ_correction_from_iobjs Cicada::PositionCorrector
#get_scalar_diffs_from_vector Cicada::CicadaMain
#go Cicada::CicadaMain
human_friendly_position_data_filename Cicada::FileInteraction
image_object_from_bytes Cicada::Serialization
in_situ_corr_data_filename Cicada::FileInteraction
#in_situ_corr_second_channel Cicada::InSituCorrection
#initialize Cicada::InSituCorrection
#initialize Cicada::CicadaMain
#initialize Cicada::PositionCorrector
#initialize Cicada::Correction
#initialize Cicada::DistributionFitter
#initialize Cicada::P3DObjectiveFunction
list_files Cicada::FileInteraction
#load_and_dark_correct_image Cicada::CicadaMain
load_image Cicada::FileInteraction
#load_or_fit_image_objects Cicada::CicadaMain
#load_position_data Cicada::CicadaMain
#log_fitting_failures Cicada::CicadaMain
#logger Cicada::CicadaMain
#logger Cicada::PositionCorrector
#min_prob Cicada::P3DObjectiveFunction
#p3d Cicada::P3DObjectiveFunction
#parameters Cicada::InSituCorrection
#parameters Cicada::PositionCorrector
#parameters Cicada::DistributionFitter
#parameters Cicada::CicadaMain
parse_parameter_file Cicada::CicadaMain
#pixel_to_distance_conversions Cicada::PositionCorrector
position_data_filename Cicada::FileInteraction
position_file_exists? Cicada::FileInteraction
#positions_for_correction Cicada::Correction
#print_distance_components Cicada::PositionCorrector
#r Cicada::P3DObjectiveFunction
read_from_file Cicada::Correction
read_from_xml Cicada::Correction
read_in_situ_corr_data Cicada::FileInteraction
read_position_data Cicada::FileInteraction
#reference_channel Cicada::Correction
#reference_channel Cicada::InSituCorrection
#replace MVector
#replace_column Matrix
#replace_row Matrix
run_from_parameter_file Cicada::CicadaMain
#s Cicada::P3DObjectiveFunction
serialize_image_objects Cicada::Serialization
#set_up_logging Cicada::CicadaMain
#should_fit_s Cicada::P3DObjectiveFunction
#submit_single_object Cicada::CicadaMain
#tre Cicada::Correction
unit MVector
unserialize_image_objects Cicada::Serialization
unserialize_position_data_file Cicada::FileInteraction
#use_min_prob Cicada::P3DObjectiveFunction
#write_all_correction_point_xml Cicada::Correction
#write_correction_binary_data_element Cicada::Correction
#write_correction_point_xml Cicada::Correction
write_differences Cicada::FileInteraction
write_human_friendly_position_data_file Cicada::FileInteraction
write_position_data Cicada::FileInteraction
write_position_data_file Cicada::FileInteraction
#write_to_file Cicada::Correction
#write_to_xml Cicada::Correction
zero MVector