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#<< Bio::MAF::CompletionTracker
#_merge_bgzf_fetch_list Bio::MAF::Parser
#_merge_fetch_list Bio::MAF::Parser
#_parse_block Bio::MAF::MAFParsing
#_parse_header Bio::MAF::Parser
#_slice Bio::MAF::Block
#_slice_text_range Bio::MAF::Block
#_wrap Bio::MAF::Parser
#add Bio::MAF::ForkRunner
#add Bio::MAF::JThreadRunner
#alignment_params Bio::MAF::Header
#append_chunks_to Bio::MAF::ParseContext
#apply_options Top Level Namespace
#at_end Bio::MAF::Parser
#at_end Bio::MAF::ParseContext
#base_reader Bio::MAF::Parser
#bin Bio::GenomicInterval
bin_all Bio::Ucsc::UcscBin
#bin_all Bio::GenomicInterval
bin_from_range Bio::Ucsc::UcscBin
bin_start_prefix Bio::MAF::KVHelpers
#block_filter Bio::MAF::Access
#block_joiner Bio::MAF::Parser
#bs Bio::MAF::AllSpeciesFilter
#build Bio::MAF::KyotoIndex
build Bio::MAF::Filters
build Bio::MAF::KyotoIndex
#build_bio_alignment Bio::MAF::Tiler
#build_block_value Bio::MAF::KyotoIndex
#build_index Top Level Namespace
#call Bio::MAF::Filter
#check_chunk_size Bio::MAF::ChunkReader
#check_for_errors Bio::MAF::JExecutor
#chrom_index Bio::MAF::Access
#chunk_size Bio::MAF::ChunkReader
#chunk_start Bio::MAF::ParseContext
#chunk_start Bio::MAF::Parser
#close Bio::MAF::FASTAWriter
#close Bio::MAF::KyotoIndex
#close Bio::MAF::Access
#close Bio::MAF::Parser
#compression Bio::MAF::Parser
#context Bio::MAF::Parser
#conv_map Bio::MAF::Parser
#conv_send Bio::MAF::Parser
#cr Bio::MAF::ParseContext
#cr Bio::MAF::ThreadedChunkReaderWrapper
#cr Bio::MAF::Parser
create Bio::MAF::Executor
create Bio::MAF::JobRunner
#db Bio::MAF::KyotoIndex
#decode_status_char Bio::MAF::Sequence
default Bio::MAF::Header
#delayed Bio::MAF::CompletionTracker
#delete_text Bio::MAF::Sequence
#desc Top Level Namespace
#drain_delayed Bio::MAF::CompletionTracker
#dump Bio::MAF::KyotoIndex
#each_block Bio::MAF::Parser
#each_block_seq Bio::MAF::Parser
#each_raw_seq Bio::MAF::Block
#each_tiler Top Level Namespace
#empty? Bio::MAF::Sequence
#empty? Bio::MAF::Filters
#empty? Bio::MAF::EmptySequence
#end Bio::MAF::Sequence
#entries_for Bio::MAF::KyotoIndex
extract_index_offset Bio::MAF::KVHelpers
extract_n_sequences Bio::MAF::KVHelpers
extract_species_vec Bio::MAF::KVHelpers
extract_text_size Bio::MAF::KVHelpers
#extractor_fmt Bio::MAF::Struct
#f Bio::MAF::Writer
#f Bio::MAF::ParseContext
#f Bio::MAF::ThreadedChunkReaderWrapper
#f Bio::MAF::FASTARangeReader
#f Bio::MAF::ChunkReader
#f Bio::MAF::Parser
#f Bio::MAF::BGZFChunkReader
#fasta_desc Bio::MAF::Sequence
#fetch_blocks Bio::MAF::Parser
#fetch_blocks Bio::MAF::ParseContext
#fetch_blocks_merged Bio::MAF::Parser
#fetch_blocks_merged_parallel Bio::MAF::Parser
#fetch_list Bio::MAF::KyotoIndex
file Bio::MAF::Access
#file_spec Bio::MAF::Parser
#fill_char Bio::MAF::Tiler
#filter_seq_count Bio::MAF::Parser
#filtered? Bio::MAF::Block
#find Bio::MAF::Access
#find Bio::MAF::KyotoIndex
#find_gaps Bio::MAF::Block
#find_index_file Bio::MAF::Access
#flatten_vars Bio::MAF::Writer
#fmt Bio::MAF::Struct
#fmt Bio::MAF::Member
#gapped? Bio::MAF::Sequence
#gather_leading_fragment Bio::MAF::MAFParsing
#handle_interval_spec Top Level Namespace
#handle_list_spec Top Level Namespace
handle_logging_options Bio::MAF
#header Bio::MAF::Parser
#i_data Bio::MAF::Sequence
#index Bio::MAF::Tiler
#index_blocks Bio::MAF::KyotoIndex
#index_sequences Bio::MAF::KyotoIndex
#indices Bio::MAF::Access
#initialize Bio::MAF::FASTAWriter
#initialize Bio::MAF::Access
#initialize Bio::MAF::ThreadedChunkReaderWrapper
#initialize Bio::MAF::DummyExecutor
#initialize Bio::MAF::JExecutor
#initialize Bio::MAF::JThreadRunner
#initialize Bio::MAF::ForkRunner
#initialize Bio::MAF::ChunkReader
#initialize Bio::MAF::MinSizeFilter
#initialize Bio::MAF::EmptySequence
#initialize Bio::MAF::ParseContext
#initialize Bio::MAF::BGZFChunkReader
#initialize Bio::MAF::AtLeastNSequencesFilter
#initialize Bio::MAF::Sequence
#initialize Bio::MAF::MaxSizeFilter
#initialize Bio::MAF::Writer
#initialize Bio::MAF::Tiler
#initialize Bio::MAF::Member
#initialize Bio::MAF::Block
#initialize Bio::MAF::FASTARangeReader
#initialize Bio::MAF::Header
#initialize Bio::MAF::AllSpeciesFilter
#initialize Bio::MAF::KyotoIndex
#initialize Bio::MAF::CompletionTracker
#initialize Bio::MAF::Struct
#initialize Bio::MAF::Filters
#initialize Bio::MAF::Parser
#intersection Bio::GenomicInterval
#interval Bio::MAF::Tiler
#interval Bio::MAF::Sequence
#join Bio::MAF::EmptySequence
#join Bio::MAF::Sequence
#join Bio::MAF::Block
#joinable_with? Bio::MAF::Sequence
#joinable_with? Bio::MAF::Block
#last_block_pos Bio::MAF::Parser
#last_block_pos Bio::MAF::ParseContext
#left_count Bio::MAF::Sequence
#left_status Bio::MAF::Sequence
#left_status_char Bio::MAF::Sequence
#load_index_sequences Bio::MAF::KyotoIndex
#load_species Bio::MAF::KyotoIndex
maf_dir Bio::MAF::Access
#maf_file Bio::MAF::KyotoIndex
#make_processing_task Top Level Namespace
#make_scan_worker Bio::MAF::KyotoIndex
#make_worker Bio::MAF::Parser
#match Bio::MAF::Filters
#match Bio::MAF::AtLeastNSequencesFilter
#match Bio::MAF::MaxSizeFilter
#match Bio::MAF::MinSizeFilter
#match Bio::MAF::AllSpeciesFilter
#merge_fetch_list Bio::MAF::Parser
#n Bio::MAF::AtLeastNSequencesFilter
#name Bio::MAF::Member
#next_expected Bio::MAF::CompletionTracker
#non_fill_re Bio::MAF::Tiler
#offset Bio::MAF::Member
#offset Bio::MAF::Block
#offsets Bio::MAF::CompletionTracker
open Bio::MAF::KyotoIndex
#opts Bio::MAF::Parser
#opts Bio::MAF::ParseContext
#orig_text Bio::MAF::Block
#output_text Bio::MAF::Tiler
#overlaps? Bio::MAF::KyotoIndex
#parse_block Bio::MAF::Parser
#parse_block_data Bio::MAF::MAFParsing
#parse_blocks_parallel Bio::MAF::Parser
#parse_empty Bio::MAF::ParseContext
#parse_empty Bio::MAF::Parser
#parse_empty_line Bio::MAF::MAFParsing
#parse_error Bio::MAF::MAFParsing
#parse_extended Bio::MAF::Parser
#parse_extended Bio::MAF::ParseContext
#parse_interval Top Level Namespace
#parse_maf_vars Bio::MAF::MAFParsing
#parse_options Bio::MAF::Access
#parse_seq_line Bio::MAF::MAFParsing
#parse_trailing_fragment Bio::MAF::MAFParsing
#parser Bio::MAF::ParseContext
#parser Bio::MAF::Tiler
#path Bio::MAF::Writer
#path Bio::MAF::KyotoIndex
#phys_f Bio::MAF::Parser
#pos Bio::MAF::FASTARangeReader
#pos Bio::MAF::BGZFChunkReader
#pos Bio::MAF::ChunkReader
#pos Bio::MAF::ThreadedChunkReaderWrapper
#position_at_start Bio::MAF::FASTARangeReader
#prep Bio::MAF::KyotoIndex
#process_maf Top Level Namespace
#quality Bio::MAF::Sequence
#queue Bio::MAF::CompletionTracker
#r Bio::MAF::BGZFChunkReader
#raw_seq Bio::MAF::Block
#read_ahead Bio::MAF::ThreadedChunkReaderWrapper
#read_chunk Bio::MAF::ThreadedChunkReaderWrapper
#read_chunk Bio::MAF::BGZFChunkReader
#read_chunk Bio::MAF::ChunkReader
#read_chunk_at Bio::MAF::ChunkReader
#read_chunk_at Bio::MAF::ThreadedChunkReaderWrapper
#read_chunk_at Bio::MAF::BGZFChunkReader
#read_interval Bio::MAF::FASTARangeReader
#ref_data Bio::MAF::Tiler
#ref_only Bio::MAF::KyotoIndex
#ref_seq Bio::MAF::KyotoIndex
#ref_seq Bio::MAF::Block
#reference Bio::MAF::Tiler
#register_index Bio::MAF::Access
#remove_absent_species Bio::MAF::Tiler
#remove_gaps! Bio::MAF::Block
#reopen Bio::MAF::KyotoIndex
#right_count Bio::MAF::Sequence
#right_status Bio::MAF::Sequence
#right_status_char Bio::MAF::Sequence
#run Bio::MAF::JThreadRunner
#run Bio::MAF::ForkRunner
#runs Bio::MAF::Tiler
#s Bio::MAF::Parser
#s Bio::MAF::ParseContext
#scan_bin Bio::MAF::KyotoIndex
#scan_bins Bio::MAF::KyotoIndex
#scan_bins_parallel Bio::MAF::KyotoIndex
#scan_dir Bio::MAF::Access
#scoring Bio::MAF::Header
#seq_filter_ok? Bio::MAF::MAFParsing
#seq_from Bio::MAF::Block
#seq_id_for Bio::MAF::KyotoIndex
#sequence_filter Bio::MAF::Access
#sequence_filter Bio::MAF::ParseContext
#sequence_filter Bio::MAF::Parser
#sequence_filter= Bio::MAF::Parser
#sequences Bio::MAF::Block
#set_last_block_pos! Bio::MAF::ParseContext
#set_last_block_pos! Bio::MAF::MAFParsing
#shutdown Bio::MAF::DummyExecutor
#shutdown Bio::MAF::JExecutor
#size Bio::MAF::Member
#size Bio::MAF::Sequence
#size Bio::MAF::Struct
#size Bio::MAF::Block
#slice Bio::MAF::KyotoIndex
#slice Bio::MAF::Access
#slice Bio::MAF::EmptySequence
#slice Bio::MAF::Block
#slice Bio::MAF::Sequence
#source Bio::MAF::Sequence
#species Bio::MAF::Tiler
#species Bio::MAF::KyotoIndex
#species Bio::MAF::Sequence
#species_for_output Bio::MAF::Tiler
#species_id_for_seq Bio::MAF::KyotoIndex
#species_map Bio::MAF::Tiler
#species_max_id Bio::MAF::KyotoIndex
#species_to_use Bio::MAF::Tiler
#src_size Bio::MAF::Sequence
#start Bio::MAF::Sequence
#start_chunk_read_if_needed Bio::MAF::ParseContext
#start_read_ahead Bio::MAF::ThreadedChunkReaderWrapper
#status Bio::MAF::EmptySequence
#strand Bio::MAF::Sequence
#submit Bio::MAF::DummyExecutor
#submit Bio::MAF::JExecutor
#target_for Top Level Namespace
#text Bio::MAF::EmptySequence
#text Bio::MAF::Sequence
#text_range Bio::MAF::Sequence
#text_size Bio::MAF::Block
#tile Bio::MAF::Tiler
#tile Bio::MAF::Access
#to_bio_alignment Bio::MAF::Sequence
#to_bio_alignment Bio::MAF::Block
#to_s Bio::MAF::KyotoIndex
#to_s Bio::MAF::Block
#trailing_nl? Bio::MAF::MAFParsing
#type Bio::MAF::Member
unpack_key Bio::MAF::KVHelpers
#upcase! Bio::MAF::EmptySequence
#upcase! Bio::MAF::Sequence
#upcase! Bio::MAF::Block
#usage Top Level Namespace
#vars Bio::MAF::Block
#vars Bio::MAF::Header
#version Bio::MAF::Header
#with_context Bio::MAF::Parser
#with_index Bio::MAF::Access
#with_parser Bio::MAF::Access
#with_profiling Bio::MAF::KyotoIndex
#wrap_block_seq Bio::MAF::Parser
#write_block Bio::MAF::Writer
#write_block Bio::MAF::FASTAWriter
#write_blocks Bio::MAF::Writer
#write_fasta Bio::MAF::Tiler
#write_fasta Bio::MAF::EmptySequence
#write_header Bio::MAF::Writer
#write_seq Bio::MAF::Writer
#write_sequence Bio::MAF::FASTAWriter