Method List
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#== Bio::Bam::Alignment
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#=~ Bio::Bam::StringQueries
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#Gbp Integer
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#Kbp Integer
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#Mbp Integer
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#[] Bio::Bam::Alignment
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#[] Bio::Bam::AlignmentIterator
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#[] Bio::Bam::File
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#alignments Bio::Bam::File
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#alignments Bio::Sam::File
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#assembly Bio::Bam::SQLine
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#bases_covered Bio::Bam::Alignment
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#bp Integer
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#check_file_existence Bio::FileExistenceChecker
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#chromosome Bio::Bam::AlignmentIterator
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#cigar Bio::Bam::Alignment
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#cigar_operations Bio::Bam::Alignment
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#clone Bio::Bam::AlignmentIterator
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#command Bio::Bam::AlignmentIterator
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#command_line Bio::Bam::PGLine
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#count Bio::Bam::AlignmentIterator
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#date Bio::Bam::RGLine
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#description Bio::Bam::RGLine
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#each Bio::Bam::AlignmentIterator
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#each_valid Bio::Bam::AlignmentIterator
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#expression Bio::Bam::QueryBuilder
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#failed_quality_control Bio::Bam::Alignment
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#fetch Bio::Bam::File
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filter Bio::Bam
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#flag Bio::Bam::Alignment
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#flag Bio::Bam::QueryBuilder
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#flow_order Bio::Bam::RGLine
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#has_index? Bio::Bam::File
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#header Bio::Sam::File
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#header Bio::Bam::File
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#identifier Bio::Bam::RGLine
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#identifier Bio::Bam::PGLine
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#initialize Bio::Bam::PGLine
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#initialize Bio::Bam::RGLine
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#initialize Bio::Bam::SamHeader
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#initialize Bio::Bam::NumberQueryBuilder
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#initialize Bio::Bam::SQLine
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#initialize Bio::Bam::TagQueryBuilder
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#initialize Bio::Bam::FlagQueryBuilder
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#initialize Bio::Bam::AlignmentIterator
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#initialize Bio::Bam::Alignment
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#initialize Bio::Bam::StringQueryBuilder
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#initialize Bio::Sam::File
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#initialize Bio::Bam::File
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#initialize Bio::Bam::QueryBuilder
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#initialize Bio::Bam::AlignmentFilter
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#intersection Bio::Bam::QueryBuilder
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#is_duplicate Bio::Bam::Alignment
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#is_first_of_pair Bio::Bam::Alignment
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#is_reverse_strand Bio::Bam::Alignment
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#is_second_of_pair Bio::Bam::Alignment
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#is_secondary_alignment Bio::Bam::Alignment
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#is_set Bio::Bam::FlagQueries
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#is_unmapped Bio::Bam::Alignment
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#is_unset Bio::Bam::FlagQueries
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#key_sequence Bio::Bam::RGLine
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#library Bio::Bam::RGLine
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#mapping_quality Bio::Bam::Alignment
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#mate_is_reverse_strand Bio::Bam::Alignment
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#mate_is_unmapped Bio::Bam::Alignment
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#mate_position Bio::Bam::Alignment
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#mate_ref_id Bio::Bam::Alignment
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#mate_reference Bio::Bam::Alignment
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#md5 Bio::Bam::SQLine
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#negate Bio::Bam::QueryBuilder
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#overlapping Bio::Bam::AlignmentIterator
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#pg_lines Bio::Bam::SamHeader
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#platform Bio::Bam::RGLine
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#platform_unit Bio::Bam::RGLine
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#position Bio::Bam::Alignment
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#predicted_insert_size Bio::Bam::RGLine
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#previous_program Bio::Bam::PGLine
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#program_name Bio::Bam::PGLine
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#program_version Bio::Bam::PGLine
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#programs Bio::Bam::RGLine
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#proper_pair Bio::Bam::Alignment
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#quality Bio::Bam::Alignment
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#raw_contents Bio::Bam::SamHeader
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#read_name Bio::Bam::Alignment
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#ref_id Bio::Bam::Alignment
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#reference Bio::Bam::Alignment
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#reference_sequences Bio::Sam::File
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#reference_sequences Bio::Bam::File
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#referencing Bio::Bam::AlignmentIterator
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#region Bio::Bam::AlignmentIterator
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#rg_lines Bio::Bam::SamHeader
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#sample Bio::Bam::RGLine
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#select Bio::Bam::AlignmentIterator
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#sequence Bio::Bam::Alignment
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#sequence_length Bio::Bam::SQLine
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#sequence_name Bio::Bam::SQLine
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#sequencing_center Bio::Bam::RGLine
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#sorting_order Bio::Bam::SamHeader
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#species Bio::Bam::SQLine
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#sq_lines Bio::Bam::SamHeader
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#subexpressions Bio::Bam::QueryBuilder
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#tag Bio::Bam::QueryBuilder
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#tags Bio::Bam::Alignment
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#template_length Bio::Bam::Alignment
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#to_s Bio::Bam::AlignmentFilter
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#union Bio::Bam::QueryBuilder
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#uri Bio::Bam::SQLine
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#version Bio::Bam::SamHeader
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#with_filter Bio::Bam::AlignmentIterator