Method List
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#<< Bio::DB::Fasta::Index
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#[] Bio::DB::Fasta::Index
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#al Bio::DB::Alignment
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#allele_freq Bio::DB::Pileup
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#allele_freq Bio::DB::Fasta::Region
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#allele_freq_for_base Bio::DB::Fasta::Region
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#alt Bio::DB::Vcf
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#ar1 Bio::DB::Pileup
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#ar2 Bio::DB::Pileup
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#ar3 Bio::DB::Pileup
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#average_coverage Bio::DB::Fasta::Region
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#average_coverage Bio::DB::Sam
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#bam Bio::DB::Sam
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#base_coverage Bio::DB::Pileup
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#bases Bio::DB::Pileup
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#bases Bio::DB::Fasta::Region
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#bcftools Bio::DB::Sam
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#bedcov Bio::DB::Sam
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#cached_regions Bio::DB::Sam
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#calculate_stats_from_pile Bio::DB::Fasta::Region
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#calend Bio::DB::Alignment
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#called Bio::DB::Fasta::Region
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#calmd Bio::DB::Sam
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#cat Bio::DB::Sam
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#chrom Bio::DB::Vcf
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#cigar Bio::DB::Alignment
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#consensus Bio::DB::Fasta::Region
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#consensus Bio::DB::Pileup
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#consensus_iuap Bio::DB::Pileup
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#consensus_quality Bio::DB::Pileup
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#count_ambiguities String
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#coverage Bio::DB::Pileup
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#coverages Bio::DB::Fasta::Region
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#depth Bio::DB::Sam
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docs Bio::DB::Sam
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#each Bio::DB::Fasta::Index
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#each_region Bio::DB::Sam
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#end Bio::DB::Fasta::Region
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#entries Bio::DB::Fasta::Index
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#entry Bio::DB::Fasta::Region
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#extract_reads Bio::DB::Sam
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#faidx Bio::DB::Fasta::FastaFile
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#faidx Bio::DB::Sam
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#failed_quality Bio::DB::Alignment
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#fasta Bio::DB::Sam
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#fasta_path Bio::DB::Fasta::FastaFile
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#fetch Bio::DB::Sam
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#fetch_reference Bio::DB::Sam
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#fetch_region Bio::DB::Sam
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#fetch_sequence Bio::DB::Fasta::FastaFile
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#fetch_sequence_samtools Bio::DB::Fasta::FastaFile
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filename Bio::DB::SAM::Library
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#files_ok? Bio::DB::Sam
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#filter Bio::DB::Vcf
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#first_in_pair Bio::DB::Alignment
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#flag Bio::DB::Alignment
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#format Bio::DB::Vcf
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#genotype_list Bio::DB::Pileup
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#has_region? Bio::DB::Sam
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#id Bio::DB::Vcf
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#id Bio::DB::Fasta::Entry
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#indel_1 Bio::DB::Pileup
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#indel_2 Bio::DB::Pileup
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#index Bio::DB::Fasta::FastaFile
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#index Bio::DB::Sam
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#index_stats Bio::DB::Sam
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#indexed? Bio::DB::Sam
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#info Bio::DB::Vcf
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#initialize Bio::DB::Fasta::Entry
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#initialize Bio::DB::Fasta::Region
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#initialize Bio::DB::Vcf
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#initialize Bio::DB::Fasta::FastaFile
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#initialize Bio::DB::Alignment
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#initialize Bio::DB::Sam
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#initialize Bio::DB::Fasta::Index
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#initialize Bio::DB::Pileup
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#int_or_raw Bio::DB::Vcf
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is_unambiguous Bio::NucleicAcid
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is_valid Bio::NucleicAcid
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#isize Bio::DB::Alignment
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iupac_to_base Bio::DB::Pileup
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#last_command Bio::DB::Sam
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#length Bio::DB::Fasta::Index
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#line_length Bio::DB::Fasta::Entry
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#load_fai_entries Bio::DB::Fasta::FastaFile
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#log Top Level Namespace
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#mapq Bio::DB::Alignment
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#merge Bio::DB::Sam
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#minumum_ratio_for_iup_consensus Bio::DB::Sam
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#mpileup Bio::DB::Sam
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#mpileup_cached Bio::DB::Sam
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#mpileup_clear_cache Bio::DB::Sam
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#mpos Bio::DB::Alignment
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#mrnm Bio::DB::Alignment
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#non_ref_count Bio::DB::Pileup
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#non_refs Bio::DB::Pileup
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#offset Bio::DB::Fasta::Entry
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#open Bio::DB::Sam
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#orientation Bio::DB::Fasta::Region
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#parse_line Bio::DB::Vcf
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parse_region Bio::DB::Fasta::Region
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#phase Bio::DB::Sam
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#plot_coverage Bio::DB::Sam
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#pos Bio::DB::Pileup
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#pos Bio::DB::Vcf
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#pos Bio::DB::Alignment
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#primary Bio::DB::Alignment
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#qname Bio::DB::Alignment
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#qual Bio::DB::Vcf
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#qual Bio::DB::Alignment
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#query_unmapped Bio::DB::Alignment
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#read_quals Bio::DB::Pileup
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#ref Bio::DB::Vcf
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#ref_count Bio::DB::Pileup
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#ref_name Bio::DB::Pileup
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#reference Bio::DB::Fasta::Region
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#region_for_entry Bio::DB::Fasta::Index
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#remove_duplicates Bio::DB::Sam
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#sam_string Bio::DB::Alignment
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#samstr Bio::DB::Alignment
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#samtools Bio::DB::Sam
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#second_in_pair Bio::DB::Alignment
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#seq Bio::DB::Alignment
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#set Bio::DB::Tag
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#size Bio::DB::Fasta::Region
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#snp_quality Bio::DB::Pileup
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#snps Bio::DB::Fasta::Region
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snps_between Bio::Sequence
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#sort Bio::DB::Sam
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#start Bio::DB::Fasta::Region
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#tag Bio::DB::Tag
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#tags Bio::DB::Alignment
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#targetcut Bio::DB::Sam
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to_IUAPC Bio::NucleicAcid
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#to_s Bio::DB::Pileup
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#to_s Bio::DB::Vcf
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#to_s Bio::DB::Fasta::Region
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#to_vcf Bio::DB::Pileup
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#total_cov Bio::DB::Fasta::Region
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#tview Bio::DB::Sam
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#type Bio::DB::Tag
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#upper_case_count String
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#value Bio::DB::Tag
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#view Bio::DB::Sam