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  - ArrayExtensionBio::Alignment
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  - FactoryTemplateBio::Alignment
    FileInFileOut < SimpleBio::Alignment::FactoryTemplate
    FileInFileOutWithTree < FileInFileOutBio::Alignment::FactoryTemplate
    FileInStdoutOut < SimpleBio::Alignment::FactoryTemplate
    Simple < ObjectBio::Alignment::FactoryTemplate
    StdinInFileOut < SimpleBio::Alignment::FactoryTemplate
    WrapInputStdinBio::Alignment::FactoryTemplate
    WrapInputTempfileBio::Alignment::FactoryTemplate
    WrapOutputStdoutBio::Alignment::FactoryTemplate
    WrapOutputTempfileBio::Alignment::FactoryTemplate
  - GAPBio::Alignment
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    Report < ReportBio::Blast::Bl2seq
    F0dbstat < F0dbstatBio::Blast::Bl2seq::Report
    HSP < HSPBio::Blast::Bl2seq::Report
    Hit < HitBio::Blast::Bl2seq::Report
    Iteration < IterationBio::Blast::Bl2seq::Report
  - DefaultBio::Blast
    Report < ObjectBio::Blast::Default
    AlwaysNil < ObjectBio::Blast::Default::Report
    F0dbstat < ObjectBio::Blast::Default::Report
    HSP < ObjectBio::Blast::Default::Report
    Hit < ObjectBio::Blast::Default::Report
    Iteration < ObjectBio::Blast::Default::Report
    Report_TBlast < ReportBio::Blast::Default
  - Fastacmd < ObjectBio::Blast
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    Iteration < IterationBio::Blast::RPSBlast::Report
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    InformationBio::Blast::Remote::GenomeNet
    InformationBio::Blast::Remote
  - Report < ObjectBio::Blast
    BlastXmlSplitter < DefaultBio::Blast::Report
    Hit < ObjectBio::Blast::Report
    Hsp < ObjectBio::Blast::Report
    Iteration < ObjectBio::Blast::Report
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    Report < ReportBio::Blast::WU
    F0dbstat < F0dbstatBio::Blast::WU::Report
    HSP < HSPBio::Blast::WU::Report
    Hit < HitBio::Blast::WU::Report
    Iteration < IterationBio::Blast::WU::Report
    Report_TBlast < ReportBio::Blast::WU
- Blat < ObjectBio
  - Report < ObjectBio::Blat
    Hit < ObjectBio::Blat::Report
    SegmentPair < ObjectBio::Blat::Report
    SeqDesc < ObjectBio::Blat::Report
- ClustalW < ObjectBio
  - Report < DBBio::ClustalW
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  - GROUP < ObjectBio::DAS
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  - SEGMENT < ObjectBio::DAS
  - SEQUENCE < ObjectBio::DAS
  - TARGET < ObjectBio::DAS
  - TYPE < ObjectBio::DAS
  - TYPES < ENTRY_POINTBio::DAS
- DB < ObjectBio
- DBGET < ObjectBio
- DDBJ < GenBankBio
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    Blast < WABItemplateBio::DDBJ::REST
    ClustalW < WABItemplateBio::DDBJ::REST
    DDBJ < WABItemplateBio::DDBJ::REST
    Mafft < WABItemplateBio::DDBJ::REST
    RequestManager < WABItemplateBio::DDBJ::REST
    WABItemplate < ObjectBio::DDBJ::REST
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    Blast < XMLBio::DDBJ::XML
    ClustalW < XMLBio::DDBJ::XML
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    Fasta < XMLBio::DDBJ::XML
    GetEntry < XMLBio::DDBJ::XML
    Gib < XMLBio::DDBJ::XML
    Gtop < XMLBio::DDBJ::XML
    PML < XMLBio::DDBJ::XML
    RequestManager < XMLBio::DDBJ::XML
    REST < ObjectBio::DDBJ::XML::RequestManager
    SRS < XMLBio::DDBJ::XML
    TxSearch < XMLBio::DDBJ::XML
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  - SOAP < SOAPWSDLBio::EBI
    Citation < SOAPBio::EBI::SOAP
    ClustalW < SOAPBio::EBI::SOAP
    Dbfetch < SOAPBio::EBI::SOAP
    Emboss < SOAPBio::EBI::SOAP
    Fasta < SOAPBio::EBI::SOAP
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    MPsrch < SOAPBio::EBI::SOAP
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    Muscle < SOAPBio::EBI::SOAP
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    ScanPS < SOAPBio::EBI::SOAP
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- Ensembl < ObjectBio
  - Base < ObjectBio::Ensembl
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  - Mouse < BaseBio::Ensembl
- FANTOMBio
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    Annotation < MaXMLBio::FANTOM::MaXML
    DataSrc < StringBio::FANTOM::MaXML::Annotation
    Annotations < MaXMLBio::FANTOM::MaXML
    Cluster < MaXMLBio::FANTOM::MaXML
    Sequence < MaXMLBio::FANTOM::MaXML
    Sequences < MaXMLBio::FANTOM::MaXML
- Fasta < ObjectBio
  - Report < ObjectBio::Fasta
    FastaFormat10Splitter < TemplateBio::Fasta::Report
    Hit < ObjectBio::Fasta::Report
    Query < ObjectBio::Fasta::Report::Hit
    Target < QueryBio::Fasta::Report::Hit
    Program < ObjectBio::Fasta::Report
- FastaDefline < ObjectBio
- FastaFormat < DBBio
- FastaNumericFormat < FastaFormatBio
- Fastq < ObjectBio
  - Error < RuntimeErrorBio::Fastq
    Diff_ids < ErrorBio::Fastq::Error
    Long_qual < ErrorBio::Fastq::Error
    No_atmark < ErrorBio::Fastq::Error
    No_ids < ErrorBio::Fastq::Error
    No_qual < ErrorBio::Fastq::Error
    No_seq < ErrorBio::Fastq::Error
    Qual_char < ErrorBio::Fastq::Error
    Qual_range < ErrorBio::Fastq::Error
    Seq_char < ErrorBio::Fastq::Error
    Short_qual < ErrorBio::Fastq::Error
    Skipped_unformatted_lines < ErrorBio::Fastq::Error
  - FormatData < ObjectBio::Fastq
    FASTQ_ILLUMINA < FormatDataBio::Fastq::FormatData
    FASTQ_SANGER < FormatDataBio::Fastq::FormatData
    FASTQ_SOLEXA < FormatDataBio::Fastq::FormatData
- Feature < ObjectBio
  - Qualifier < ObjectBio::Feature
- Features < ObjectBio
  - BackwardCompatibilityBio::Features
- Fetch < ObjectBio
- FlatFile < ObjectBio
  - AutoDetect < ObjectBio::FlatFile
    RuleDebug < RuleTemplateBio::FlatFile::AutoDetect
    RuleProc < RuleTemplateBio::FlatFile::AutoDetect
    RuleRegexp < RuleTemplateBio::FlatFile::AutoDetect
    RuleRegexp2 < RuleRegexpBio::FlatFile::AutoDetect
    RuleSpecial < RuleTemplateBio::FlatFile::AutoDetect
    RuleTemplate < ObjectBio::FlatFile::AutoDetect
    RulesArray < ArrayBio::FlatFile::AutoDetect
  - BufferedInputStream < ObjectBio::FlatFile
  - SplitterBio::FlatFile
    Default < TemplateBio::FlatFile::Splitter
    LineOriented < TemplateBio::FlatFile::Splitter
    Template < ObjectBio::FlatFile::Splitter
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- FlatFileIndex < ObjectBio
  - BDB_1Bio::FlatFileIndex
    BDBMappingFile < ObjectBio::FlatFileIndex::BDB_1
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    SecondaryNameSpace < NameSpaceBio::FlatFileIndex::BDB_1
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  - DEBUGBio::FlatFileIndex
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  - FileID < ObjectBio::FlatFileIndex
  - FileIDs < ArrayBio::FlatFileIndex
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    PrimaryNameSpace < NameSpaceBio::FlatFileIndex::Flat_1
    Record < ObjectBio::FlatFileIndex::Flat_1
    SecondaryNameSpace < NameSpaceBio::FlatFileIndex::Flat_1
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    ParserBio::FlatFileIndex::Indexer
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    EMBLParser < TemplateParserBio::FlatFileIndex::Indexer::Parser
    FastaFormatParser < TemplateParserBio::FlatFileIndex::Indexer::Parser
    GenBankParser < TemplateParserBio::FlatFileIndex::Indexer::Parser
    GenPeptParser < GenBankParserBio::FlatFileIndex::Indexer::Parser
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    MaXMLSequenceParser < TemplateParserBio::FlatFileIndex::Indexer::Parser
    PDBChemicalComponentParser < TemplateParserBio::FlatFileIndex::Indexer::Parser
    SPTRParser < EMBLParserBio::FlatFileIndex::Indexer::Parser
    TemplateParser < ObjectBio::FlatFileIndex::Indexer::Parser
  - NameSpaces < HashBio::FlatFileIndex
  - Results < HashBio::FlatFileIndex
  - TemplateBio::FlatFileIndex
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  - Msf < ObjectBio::GCG
  - Seq < ObjectBio::GCG
- GO < ObjectBio
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- GenBank < NCBIDBBio
  - Locus < ObjectBio::GenBank
- GenPept < NCBIDBBio
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- Genscan < ObjectBio
  - Report < ObjectBio::Genscan
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  - HiGet < SOAPWSDLBio::HGC
- HMMER < ObjectBio
  - Report < ObjectBio::HMMER
    Hit < ObjectBio::HMMER::Report
    Hsp < ObjectBio::HMMER::Report
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  - KeywordSearch < ObjectBio::Hinv
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    DblinksAsHashBio::KEGG::Common
    GenesAsHashBio::KEGG::Common
    ModulesAsHashBio::KEGG::Common
    OrthologsAsHashBio::KEGG::Common
    PathwaysAsHashBio::KEGG::Common
    ReferencesBio::KEGG::Common
    StringsAsHashBio::KEGG::Common
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  - ENZYME < KEGGDBBio::KEGG
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  - GENOME < KEGGDBBio::KEGG
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    Entry < ObjectBio::KEGG::KGML
    Reaction < ObjectBio::KEGG::KGML
    Relation < ObjectBio::KEGG::KGML
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    DB < ObjectBio::KEGG::Keggtab
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  - ORTHOLOGY < KEGGDBBio::KEGG
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  - REACTION < KEGGDBBio::KEGG
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- LITDB < NCBIDBBio
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- Location < ObjectBio
- Locations < ObjectBio
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  - Mapping < ObjectBio::Map
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    Report < ObjectBio::Meme::Mast
  - Motif < ObjectBio::Meme
- Muscle < StdinInFileOutBio
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    MethodsBio::NCBI::REST::EFetch
    ESearch < ObjectBio::NCBI::REST
    MethodsBio::NCBI::REST::ESearch
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    EFetch < SOAPBio::NCBI::SOAP
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  - CommonBio::NCBIDB
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  - DataBlock < CharactersBlockBio::Nexus
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    ReportError < RuntimeErrorBio::PAML::Codeml
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    Report < ObjectBio::PAML::Common
  - Yn00 < CommonBio::PAML
    Report < ReportBio::PAML::Yn00
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  - Chain < ObjectBio::PDB
  - ChainFinderBio::PDB
  - ChemicalComponent < ObjectBio::PDB
    Record < RecordBio::PDB::ChemicalComponent
  - Coordinate < VectorBio::PDB
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    ConstLikeMethodBio::PDB::DataType
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    Pdb_RealBio::PDB::DataType
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  - HeterogenFinderBio::PDB
  - Model < ObjectBio::PDB
  - ModelFinderBio::PDB
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    ATOM < ObjectBio::PDB::Record
    HETATM < ObjectBio::PDB::Record
    Jrnl < RecordBio::PDB::Record
    Remark1 < RecordBio::PDB::Record
    Remark2 < RecordBio::PDB::Record
  - Residue < ObjectBio::PDB
  - ResidueFinderBio::PDB
  - UtilsBio::PDB
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  - IPSORT < ObjectBio::PSORT
  - PSORT1 < ObjectBio::PSORT
    Remote < CGIDriverBio::PSORT::PSORT1
    Report < ObjectBio::PSORT::PSORT1
  - PSORT2 < ObjectBio::PSORT
    Remote < CGIDriverBio::PSORT::PSORT2
    Report < ObjectBio::PSORT::PSORT2
  - PSORTB < ObjectBio::PSORT
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  - Report < ObjectBio::PTS1
- Pathway < ObjectBio
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  - PhylipFormat < ObjectBio::Phylip
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  - Other < ObjectBio::PhyloXML
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    ClosedPhyloXMLParser < ObjectBio::PhyloXML::Parser
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  - Property < ObjectBio::PhyloXML
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  - Sequence < ObjectBio::PhyloXML
  - SequenceRelation < ObjectBio::PhyloXML
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  - Uri < ObjectBio::PhyloXML
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- Probcons < FileInStdoutOutBio
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  - EnzymeEntry < DynamicMethod_HashBio::REBASE
- RefSeq < GenBankBio
- Reference < ObjectBio
- References < ObjectBio
  - BackwardCompatibilityBio::References
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  - DB < ObjectBio::Registry
- Relation < ObjectBio
- RestrictionEnzyme < ObjectBio
  - Analysis < ObjectBio::RestrictionEnzyme
  - CutSymbolBio::RestrictionEnzyme
    CutSymbol__ < ObjectBio::RestrictionEnzyme::CutSymbol
  - DenseIntArray < ObjectBio::RestrictionEnzyme
    MutableRange < StructBio::RestrictionEnzyme::DenseIntArray
  - DoubleStranded < ObjectBio::RestrictionEnzyme
    AlignedStrands < ObjectBio::RestrictionEnzyme::DoubleStranded
    Result < StructBio::RestrictionEnzyme::DoubleStranded::AlignedStrands
    CutLocationPair < ArrayBio::RestrictionEnzyme::DoubleStranded
    CutLocationPairInEnzymeNotation < CutLocationPairBio::RestrictionEnzyme::DoubleStranded
    CutLocations < ArrayBio::RestrictionEnzyme::DoubleStranded
    CutLocationsInEnzymeNotation < CutLocationsBio::RestrictionEnzyme::DoubleStranded
    EnzymeAction < SequenceRangeBio::RestrictionEnzyme::DoubleStranded
  - Fragment < StructBio::RestrictionEnzyme
  - Fragments < ArrayBio::RestrictionEnzyme
  - Range < ObjectBio::RestrictionEnzyme
    CutRange < ObjectBio::RestrictionEnzyme::Range
    CutRanges < ArrayBio::RestrictionEnzyme::Range
    HorizontalCutRange < CutRangeBio::RestrictionEnzyme::Range
    SequenceRange < ObjectBio::RestrictionEnzyme::Range
    Bin < StructBio::RestrictionEnzyme::Range::SequenceRange
    CalculatedCuts < ObjectBio::RestrictionEnzyme::Range::SequenceRange
    Fragment < ObjectBio::RestrictionEnzyme::Range::SequenceRange
    DisplayFragment < StructBio::RestrictionEnzyme::Range::SequenceRange::Fragment
    Fragments < ArrayBio::RestrictionEnzyme::Range::SequenceRange
    DisplayFragment < StructBio::RestrictionEnzyme::Range::SequenceRange::Fragments
    VerticalCutRange < CutRangeBio::RestrictionEnzyme::Range
  - SingleStrand < NABio::RestrictionEnzyme
    CutLocationsInEnzymeNotation < ArrayBio::RestrictionEnzyme::SingleStrand
  - SingleStrandComplement < SingleStrandBio::RestrictionEnzyme
  - SortedNumArray < ObjectBio::RestrictionEnzyme
  - StringFormattingBio::RestrictionEnzyme
- SOAPWSDL < ObjectBio
- SOFT < ObjectBio
  - Database < EntityBio::SOFT
  - Dataset < EntityBio::SOFT
  - Entity < HashBio::SOFT
  - Platform < EntityBio::SOFT
  - Sample < EntityBio::SOFT
  - Samples < HashBio::SOFT
  - Series < EntityBio::SOFT
  - Subset < EntityBio::SOFT
  - Subsets < SamplesBio::SOFT
  - Table < ObjectBio::SOFT
    Header < ArrayBio::SOFT::Table
    Row < ArrayBio::SOFT::Table
- SOSUI < ObjectBio
  - Report < ObjectBio::SOSUI
    TMH < ObjectBio::SOSUI::Report
- SPTR < EMBLDBBio
- SQL < ObjectBio
  - Biodatabase < DummyBaseBio::SQL
  - Bioentry < DummyBaseBio::SQL
  - BioentryDbxref < DummyBaseBio::SQL
  - BioentryPath < DummyBaseBio::SQL
  - BioentryQualifierValue < DummyBaseBio::SQL
  - BioentryReference < DummyBaseBio::SQL
  - BioentryRelationship < DummyBaseBio::SQL
  - Biosequence < DummyBaseBio::SQL
  - Comment < DummyBaseBio::SQL
  - Dbxref < DummyBaseBio::SQL
  - DbxrefQualifierValue < DummyBaseBio::SQL
  - DummyBase < BaseBio::SQL
  - Location < DummyBaseBio::SQL
  - LocationQualifierValue < DummyBaseBio::SQL
  - Ontology < DummyBaseBio::SQL
  - Reference < DummyBaseBio::SQL
  - Seqfeature < DummyBaseBio::SQL
  - SeqfeatureDbxref < DummyBaseBio::SQL
  - SeqfeaturePath < DummyBaseBio::SQL
  - SeqfeatureQualifierValue < DummyBaseBio::SQL
  - SeqfeatureRelationship < DummyBaseBio::SQL
  - Sequence < ObjectBio::SQL
  - Taxon < DummyBaseBio::SQL
  - TaxonName < DummyBaseBio::SQL
  - Term < DummyBaseBio::SQL
  - TermDbxref < DummyBaseBio::SQL
  - TermPath < DummyBaseBio::SQL
  - TermRelationship < DummyBaseBio::SQL
  - TermRelationshipTerm < DummyBaseBio::SQL
  - TermSynonym < DummyBaseBio::SQL
- SangerChromatogram < ObjectBio
- Scf < SangerChromatogramBio
- Sequence < ObjectBio
  - AA < StringBio::Sequence
  - AdapterBio::Sequence
    BioSQLBio::Sequence::Adapter
    EMBLBio::Sequence::Adapter
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    FastaNumericFormatBio::Sequence::Adapter
    FastqBio::Sequence::Adapter
    GenBankBio::Sequence::Adapter
    SangerChromatogramBio::Sequence::Adapter
  - CommonBio::Sequence
  - DBLink < ObjectBio::Sequence
  - FormatBio::Sequence
    AminoFormatterBio::Sequence::Format
    FormatterBio::Sequence::Format
    Fasta < FormatterBaseBio::Sequence::Format::Formatter
    Fasta_ncbi < FormatterBaseBio::Sequence::Format::Formatter
    Fasta_numeric < FormatterBaseBio::Sequence::Format::Formatter
    Fastq < FormatterBaseBio::Sequence::Format::Formatter
    Fastq_illumina < FastqBio::Sequence::Format::Formatter
    Fastq_solexa < FastqBio::Sequence::Format::Formatter
    Qual < Fasta_numericBio::Sequence::Format::Formatter
    Raw < FormatterBaseBio::Sequence::Format::Formatter
    FormatterBase < ObjectBio::Sequence::Format
    INSDFeatureHelperBio::Sequence::Format
    NucFormatterBio::Sequence::Format
    Embl < FormatterBaseBio::Sequence::Format::NucFormatter
    Genbank < FormatterBaseBio::Sequence::Format::NucFormatter
  - Generic < StringBio::Sequence
  - NA < StringBio::Sequence
    MidiTrack < ObjectBio::Sequence::NA
  - QualityScoreBio::Sequence
    ConverterBio::Sequence::QualityScore
    PhredBio::Sequence::QualityScore
    SolexaBio::Sequence::QualityScore
  - SequenceMaskerBio::Sequence
- ShellBio
  - ColoredCodonTable < ObjectBio::Shell
  - CoreBio::Shell
  - Demo < ObjectBio::Shell
  - GhostBio::Shell
  - Irb < ObjectBio::Shell
  - PrivateBio::Shell
  - Script < ObjectBio::Shell
  - Setup < ObjectBio::Shell
  - Web < ObjectBio::Shell
    Results < ObjectBio::Shell::Web
- SiRNA < ObjectBio
  - Pair < ObjectBio::SiRNA
  - ShRNA < ObjectBio::SiRNA
- Sim4 < ObjectBio
  - Report < ObjectBio::Sim4
    Hit < ObjectBio::Sim4::Report
    Segment < ObjectBio::Sim4::Report
    SegmentPair < ObjectBio::Sim4::Report
    SeqDesc < ObjectBio::Sim4::Report
- Spidey < ObjectBio
  - Report < ObjectBio::Spidey
    Hit < ObjectBio::Spidey::Report
    Segment < ObjectBio::Spidey::Report
    SegmentPair < ObjectBio::Spidey::Report
    SeqDesc < ObjectBio::Spidey::Report
- SwissProt < SPTRBio
- TMHMM < ObjectBio
  - Report < ObjectBio::TMHMM
  - TMH < ObjectBio::TMHMM
- TRANSFAC < EMBLDBBio
  - CELL < TRANSFACBio::TRANSFAC
  - CLASS < TRANSFACBio::TRANSFAC
  - FACTOR < TRANSFACBio::TRANSFAC
  - GENE < TRANSFACBio::TRANSFAC
  - MATRIX < TRANSFACBio::TRANSFAC
  - SITE < TRANSFACBio::TRANSFAC
- TargetP < ObjectBio
  - Report < ObjectBio::TargetP
- Taxonomy < ObjectBio
- Tcoffee < FileInFileOutWithTreeBio
- TogoWSBio
  - AccessWaitBio::TogoWS
  - REST < ObjectBio::TogoWS
- TrEMBL < SPTRBio
- Tree < ObjectBio
  - Edge < ObjectBio::Tree
  - NoPathError < RuntimeErrorBio::Tree
  - Node < ObjectBio::Tree
- UniProt < SPTRBio
BiorubyController < ApplicationControllerTop Level Namespace
BiorubyGenerator < BaseTop Level Namespace
BiorubyHelperTop Level Namespace
Hash < ObjectTop Level Namespace
Object < BasicObjectTop Level Namespace
String < ObjectTop Level Namespace