Method List
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#attributes CagnutSamtools::Configuration
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#check_ref_related CagnutSamtools::CheckTools
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#check_samtools CagnutSamtools::CheckTools
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#check_samtools_index CagnutSamtools::CheckTools
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#check_tool CagnutSamtools::CheckTools
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config CagnutSamtools
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#config CagnutSamtools::Configuration
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#config CagnutSamtools::Util
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#do_flag_stat CagnutSamtools::Base
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#do_flag_stat CagnutSamtools::Util
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#generate_script CagnutSamtools::MergeBam
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#generate_script CagnutSamtools::MgBamSoftLink
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#generate_script CagnutSamtools::DoFlagStat
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#initialize CagnutSamtools::Util
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#initialize CagnutSamtools::DoFlagStat
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#initialize CagnutSamtools::MgBamSoftLink
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#initialize CagnutSamtools::MergeBam
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#job_params CagnutSamtools::MergeBam
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load CagnutSamtools::Configuration
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#load CagnutSamtools::Configuration
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#merge_bam CagnutSamtools::Util
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#merge_bam CagnutSamtools::Base
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#mg_bam_soft_link CagnutSamtools::Base
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#mg_bam_soft_link CagnutSamtools::Util
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#queuing_options CagnutSamtools::MergeBam
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#queuing_options CagnutSamtools::DoFlagStat
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#queuing_options CagnutSamtools::MgBamSoftLink
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#run CagnutSamtools::MergeBam
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#run CagnutSamtools::MgBamSoftLink
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#run CagnutSamtools::DoFlagStat
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#samtools CagnutSamtools::Util
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#samtools_path CagnutSamtools::Configuration