Documentation for bio-ngs (0.5.2)

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File Listing

README

Namespace Listing A-Z

A

Aln (Bio::Ngs::Bwa)
Array

B

Bcftools (Bio::Ngs)
Bclqseq (Bio::Ngs::CASAVA)
BinaryNotFound (Bio::Ngs::Utils)
Bio
Blast (Bio::Ngs)
BlastN (Bio::Ngs::Blast)
BlastOutput
BlastX (Bio::Ngs::Blast)
BowtieInspect (Bio::Ngs)
Bwa (Bio::Ngs)
Bwasw (Bio::Ngs::Bwa)

C

CASAVA (Bio::Ngs)
Cat (Bio::Ngs::Bcftools)
ClassMethods (Bio::Ngs::Cufflinks::Utils)
ClassMethods (Bio::Command::Wrapper)
Command (Bio)
Compare (Bio::Ngs::Cufflinks)
ConfigBclFastq (Bio::Ngs::CASAVA)
ConfigQseqFastq (Bio::Ngs::CASAVA)
Converter (Bio::Ngs)
CoreExt (Thor)
CreateBlastout
CreateGene
CreateGeneGo
CreateGo
CreateGoannotation
Cufflinks (Bio::Ngs)

D

Data (Meta)
Db (Bio::Ngs)
Diff (Bio::Ngs::Cufflinks)

E

Enumerable

F

FS (Bio::Ngs)
Faidx (Bio::Ngs::Samtools)
FastQuality (Bio::Ngs)
Fastmap (Bio::Ngs::Bwa)
FastqGz (Bio::Ngs::Illumina)
FastqStats (Bio::Ngs::Fastx)
Fastx (Bio::Ngs)

G

Gene
GeneGo
GffRead (Bio::Ngs::Cufflinks)
Go
GoAnnotation
Graphics (Bio::Ngs)
Gtf (Bio::Ngs::Cufflinks)
GtfParser (Bio::Ngs::Cufflinks)

H

HashWithIndifferentAccess (Thor::CoreExt)
Homology (Bio::Ngs)

I

Illumina (Bio::Ngs)
Index (Bio::Ngs::Bcftools)
Index (Bio::Ngs::Bwa)

L

Ld (Bio::Ngs::Bcftools)
Ldpair (Bio::Ngs::Bcftools)

M

MarkCall (Bio::Ngs::Cufflinks)
Merge (Bio::Ngs::Samtools)
Merge (Bio::Ngs::Cufflinks)
Meta
MetaReads (Bio::Ngs::Illumina)
Mpileup (Bio::Ngs::Samtools)

N

Ngs (Bio)
NucleotideDistribution (Bio::Ngs::Fastx)

O

Ontology (Bio::Ngs)
OntologyCollection (Bio::Ngs)

P

Pool (Meta)
Project (Bio::Ngs::Illumina)
Projects (Bio::Ngs::Illumina)

Q

Qseq (Bio::Ngs::Converter)
QualityTrim (Bio::Ngs::Fastx)
Quantification (Bio::Ngs::Cufflinks)
QuantificationDenovo (Bio::Ngs::Cufflinks)

R

ReadsBoxPlot (Bio::Ngs::Fastx)
ReadsCoverage (Bio::Ngs::Fastx)
Record (Bio::Ngs)
Runner (Bio::Ngs)

S

Sampe (Bio::Ngs::Bwa)
Sample (Bio::Ngs::Illumina)
Samse (Bio::Ngs::Bwa)
Samtools (Bio::Ngs)
SffExtract (Bio::Ngs)
String

T

Task (Thor)
Thor
Tophat (Bio::Ngs)
Transcript (Bio::Ngs::Cufflinks)
Trim (Bio::Ngs::Fastx)

U

Utils (Bio::Ngs)
Utils (Bio::Ngs::Cufflinks)

V

View (Bio::Ngs::Samtools)
View (Bio::Ngs::Bcftools)

W

Wrapper (Bio::Command)